1- شعبة التدقيق المستندي: يتكون عمل هذه الشعبة بشقين
أ- التدقيق داخلي: يتضمن تدقيق سجلات الرواتب والتغذيات الشهرية للكليات والموازين الشهرية وجميع مستندات الصرف والقيود اليومية وتسويات السلف والجرد المفاجئ للصناديق الاجابة على تقارير ديوان الرقابة المالية وتدقيق المحاضرات للمركز البحثية التابعة الى رئاسة الجامعة. ب-التدقيق الخارجي: يتضــمن الزيارات الميدانية لكليـــات الجامعة والمراكز التابعة لها وفق خطة عمل تعد مسبقاً تشمل تدقيق المحور العلمي والاداري والمالي.
2- شعبة التدقيق المخزني: يتضمن عمل هذه الشعبة الاجابة على طلبات التجهيز والشراء والجرد السنوي للكليات والمراكز التابعة لرئاسة الجامعة ومطابقة الموجودات مع السجلات المخزنية واعداد تقارير بذلك. والزيارات الدورية للكليات للاطلاع على مخازنها ومتابعة سير العمل على مدار السنة.
الرؤيا
ينشد قسم التدقيق والرقابة الداخلية الى تطبيق القوانين والتعليمات في كافة العمليات المالية والادارية للتأكد من صحة النتائج والمراجعة التفصيلية لعينات منها للتأكد من دقة الاجراءات لتحقيق هدفها في تامين صحة ودقة كافة المبالغ المصروفة على انشطة وفعاليات الجامعة بما يؤمن تحقيق رسالتها العلمية والانسانية في المجتمع وعلى ضوء التعليمات والقوانين النافذة.
رسالة القسم واهدافه
يعني قسم التدقيق والرقابة الداخلية بمتابعة وتقويم وتدقيق العمليات المالية والادارية وفق التعليمات والقوانين النافذة في تأمين صحة ودقة المبالغ المصروفة من تخصيصات الموازنة وموارد الجامعة من حيث المخرجات والمدخلات.
وتنفيذ قانون الموازنة الاتحادية وفق التعليمات الصادرة به من خلال التزام بالتخصيصات المالية المرصودة لموارد وفصول موازنة الجامعة وعدم التجاوز عليها وتأمين اعداد الخطة المالية الاستراتيجية لموازنات الجامعة بما يؤمن تحقيق اهداف ورسالة الجامعة.
يقترح قسم التدقيق والرقابة الداخلية بإضافة شعبة ثالثة للقسم تدعى بشعبة التدقيق الخارجي يقتصر عملها بالزيارات الميدانية لكليات ومراكز الجامعة واعداد تقارير بذلك.